
Un tel écart entre l'auteur de la Superpole et le second n'avait été observé qu'une fois auparavant, en 2009, lorsque Ben Spies avait soufflé la pole à Michel Fabrizio sur le circuit de Kyalami. Le meilleur temps du Britannique, d'1'41.360, est également le nouveau record du circuit de Portimao.
Le déroulement de la Superpole a été dicté par la météo puisque la pluie est intervenue juste avant le début de la Superpole 2. En accord avec le règlement sportif WSBK 2013, une séance finale de 20 minutes fut alors programmée pour 12 pilotes qui se préparaient à partir sur piste mouillée. Les conditions se sont cependant très rapidement améliorées et les pilotes ont en fait pu poursuivre leurs qualifications sur pneus slick.
Jonathan Rea (Pata Honda World Superbike) complète le première ligne pour les deux courses de dimanche après avoir signé le troisième temps. Marco Melandri (BMW Motorrad Goldbet) sera quant à lui en tête de la seconde ligne, en ayant battu les Français Sylvain Guintoli (Aprilia Racing Team), le leader du classement général, et Loris Baz (Kawasaki Racing Team), tandis que Carlos Checa (Team Ducati Alstare) a réussi à prendre la septième position malgré sa blessure à l'épaule gauche.
Jules Cluzel (FIXI Cluzel) a profité du changement de programme pour se hisser en huitième position, devant un trio d'Italiens composés de Michel Fabrizio (Red Devils Roma Aprilia), Ayrton Badovini (Team Ducati Alstare) et de Davide Giugliano (Althea Racing Ducati), tombé dans le virage n°8 dans un accident heureusement sans gravité.