
Nach dem Start bog Thomas Lüthi (Garage Plus Interwetten) als Erster in die erste Kurve ein, dicht gefolgt von Johann Zarco (Ajo Motorsport) und Franco Morbidelli (Estrella Galicia 0,0 Marc VDS). Am Ende der ersten Runde lag Lüthi weiterhin vorn, doch Morbidelli hatte sich bereits am amtierenden Weltmeister auf Platz zwei nach vorn gedrängt.
Dahinter folgten Sam Lowes (Federal Oil Gresini Moto2), Takaaki Nakagami (IDEMITSU Honda Team Asia), Axel Pons (AGR Team) und beide Dynavolt Intact GP Piloten Sandro Cortese und Jonas Folger. Marcel Schrötter (AGR Team) lag zunächst auf dem zehnten Rang.
Zur Rennmitte führte Lüthi weiter und hatte bereits einen Vorsprung von 1.5 Sekunden herausgefahren. Morbidelli belegte Position zwei, gefolgt von Zarco, der kurz zuvor an Lokalmatador Nakagami vorbei wieder auf Rang drei nach vorn gefahren war. Nakagami belegte Position vier vor Cortese.
In der Schlussphase des Rennens holte Zarco noch einmal auf Lüthi auf, doch der Schweizer konnte seinen Vorteil halten und gewann beim #JapaneseGP sein drittes Rennen der Saison. Zarco wurde 0.386 Sekunden dahinter Zweiter und machte in der Gesamtwertung wichtige Punkte auf seinen Hauptgegner Alex Rins gut. Morbidelli schlug Lokalheld Nakagami im Kampf um Platz drei und feierte einen weiteren Podestplatz.
Nakagami verpasste das Treppchen nach einem harten Duell nur knapp. Cortese wurde Fünfter, gefolgt von Mattia Pasini (Italtrans Racing Team) und Julian Simon (QMMF Racing Team). Schrötter kam auf Platz neun im Ziel. Xavier Simeon (QMMF Racing Team) komplettierte die Top-10. Jesko Raffin (Sports-Millions-EMWE-SAG) landete auf Platz 17.
Alex Rins (Paginas Amarillas HP 40), der angeschlagen in das 15. Saisonrennen gegangen war, stürzte schon in der ersten Runde, fuhr aber tapfer weiter und kam auf Rang 20 ins Ziel. In der zweiten Runde landeten beide CarXpert Interwetten Piloten Iker Lecuona und Robin Mulhauser im Kies. Auch Lowes stürzte. In Runde fünf war Folgers Rennen nach einem Sturz frühzeitig beendet.
Alex Marquez (Estrella Galicia 0,0 Marc VDS), Lorenzo Baldassarri (Forward Team) und Pons stürzten etwas später.